Tuyến nước bọt hoạt động nhờ sự cân bằng giữa hệ thần kinh giao cảm và hệ thần kinh phó giao cảm.

Các sợi phó giao cảm đến tuyến nước bọt trong các dây thần kinh sọ. Tuyến mang tai nhận các sợi đi trong dây thiệt hầu (dây sọ IX) qua hạch tai, trong khi tuyến dưới hàm và dưới lưỡi nhận các sợi đi trong dây mặt (sọ VII) qua hạch dưới hàm.

Phần giao cảm chi phối cho tuyến nước bọt xuất phát từ các đốt Cổ 1 đến Cổ 3, các sợi tiền hạch đến synap ở các hạch cổ trên, các sợi hậu hạch sẽ đi đến tuyến nước bọt.

Kích thích hệ giao cảm và phó giao cảm đều làm tăng tiết nước bọt. Dùng atropin (chất ức chế phó giao cảm) sẽ gây giảm tiết nước bọt.